根据有关规定，流动党员自行脱党后，应由其党的正式组织关系所在党支部召开党支部党员大会讨论通过，并逐级报具有相应审批权限的上级党组织批准，予以除名。

具体而言，党员如在本单位无正当理由，连续6个月不参加党的组织生活，或不交纳党费，或不做党所分配的工作而自行脱党，毫无疑问应由本单位党组织负责处理。

如党员将中国共产党党员组织关系介绍信开出后，长期放在口袋里，未按规定转接，或将中国共产党党员组织关系介绍信丢失后，长期不报告，而自行脱党，也就是说，组织关系虽已转出但尚未被接收的流动党员自行脱党，根据有关规定，原所在党组织仍然负有管理责任，则依然应由原所在党组织负责处理。

如党员在流动中自行脱党后，其原所在党组织已撤销（解散），则应由其原所在党组织的上级党组织负责做好对其的处理工作。